抗日战争初期，日本侵略军攻占华北，上海、南京等地相继失守，沦陷区学生纷纷失学，流离失所。其中相当一部分流亡至战略后方西南地区，当时教育部一方面为给流亡医学生提供继续就学机会，另一方面为奠定西南地区医学教育基础，决定在贵州省贵阳市建立国立贵阳医学院。

1937年12月31日，教育部聘李宗恩(原北京协和医学院教授、我国早期热带病学专家和医学教育家)、朱章赓(原任教育部医学教育委员会常务委员兼秘书、公共卫生学专家)、杨崇瑞(北平第一助产学校校长、协和医学院妇产科专家)等教授为国立贵阳医学院筹备委员，并任命李宗恩为筹备委员会主任委员。1938年1月1日筹委会在汉口建立，教育部加聘张志韩(原任贵州省教育厅厅长)和杭立武(在教育部任职)二人为筹备委员。在汉口实际负责筹建工作的还有原武汉大学生物化学教授汤佩松等，到贵阳后还得到原贵州省省立医院院长朱懋根的大力协助。

当时教育部令筹委会移用国立武昌医学院筹备费十六万元(旧币)，作为国立贵阳医学院筹备费，又令筹委会接收北平第一助产学校武昌办事处。筹委会于1月中旬至2月上旬分别在汉口、重庆、西安、长沙、贵阳五处设招生处,招收流亡的医学生及护士助产学生, 登记者共约三百人，除贵阳地区外，均由招生处负责输送学生入黔。汉口招收的学生,由汤佩松和齐登科等教授带领，从武汉出发，经重庆转抵贵阳。1938年3月1日国立贵阳医学院宣告成立,教育部正式聘任李宗恩博士为院长。直至1947年7月,李宗恩院长调任北京协和医学院院长,教育部另任朱懋根教授为我院院长。此时的贵阳医学院为全国仅有的九所国立医学院校之一。

建院初期，大批医学先驱云集我院，如：生物学家林绍文、病理学家侯宝璋、生物化学家汤佩松、内科学家张孝骞、传染病学家王季午、外科学家朱懋根与沈克非、妇产科学家杨崇瑞与李瑞林、公共卫生学家朱章赓等，为我校医学教育奠定了坚实基础。

1949年11月15日，贵阳解放，学校广大师生职工欢庆解放。11月25日，市军管会文教接管部派卫生处樊茂萱为军代表、张祖良为军事联络员，接管贵阳医学院。1950年2月3日，市军管会文教接管部命令将贵阳医学院划归文教接管部直接管理，调回樊茂萱、张祖良同志，改派安瑞琮为贵医军事联络员，同年4月14日，又改派何建明为军事联络员，另派文教接管部秘书主任陈大羽同志协助行政领导工作。

1950年西南军政委员会文教部文秘字第03049号通知：中央决定凡公立各院校、馆名称，概不加“国立”两字，因此，贵阳医学院于1950年12月24日起，取消“国立”两字，正式更名“贵阳医学院”，划归贵州省人民政府管理。在党和人民政府的领导下，学校面貌焕然一新，全校师生精神振奋，立志为祖国的医药卫生事业发展贡献力量，将一所旧式的医学院校逐步改造成为新型的社会主义高等医药院校，这在贵阳医学院办学历史上发生了根本性质的改变。从此，师生主动要求进步，积极参加社会政治活动，党组织得到快速建立和发展，行政领导班子得到加强，学制改革师从苏联，新的教学计划得到修订，教学方式方法得到完善，师资队伍得到壮大，教育教学质量得到提高，科研工作得到重视。学生朝气蓬勃，教师干劲十足，学校各项工作取得丰硕成果，贵阳医学院步入了健康发展的快车道。

文革十年，全校教职工用坚定的政治责任感，始终对党充满信心，始终不忘贵医肩负的历史使命，始终秉承“诚于己，忠于群，敬往思来”的校训，立足岗位，踏实工作，做出了一定的成绩和贡献。学校广大教师和医护人员，继续坚持救死护伤，防病治病，送医送药，积极开展巡回医疗。制订教学计划，保证教学质量。举办医学专科进修班，开办金沙和织金分院。难能可贵的是，广大教师在沉重压力下，积极开展医学研究，1971年成立“贵州省肿瘤防治研究办公室”，随即举办肿瘤普查学习班。地方性氟中毒症、慢性微电极技术、巴拉巴拉按蚊实验室种群驯养成功3个科研成果，在1978年分别荣获全国科学大会奖、全国医药科学大会奖及贵州省科学大会奖，寄生虫学教研组、生理学教研组荣获全国医药卫生先进集体，学校由于科研成果突出得到全国科学大会表彰。

党的十一届三中全会以来，在党的正确路线、方针、政策的指引下，学校广大教职医护员工生经过拨乱反正，锐意进取，发展进入了快车道。1978年全国恢复招收研究生，学校招收了第一批硕士研究生，由4个较好的学科、专业及5名学术造诣较高的教授、副教授作为导师进行招生，经初试及复试，从33名考生中择优录取8名硕士研究生，金大雄、孟庆华、李贵真、张美祥教授和刘家骝副教授为第一批硕士生导师。1981年经国务院批准，医学生物学、寄生虫学、病理解剖学、内科学四个学科获得硕士授予权，同年，8位毕业生获得医学硕士学位。

学校1982年开始面向全国招生，招生专业也不断扩大，从1978年至1984年，由4个学科、专业发展到15个学科、专业，指导教师从1978年的教授4人、副教授1人，增加到教授8人，副教授或副主任医师18人。先后招生的学科、专业有医学生物学、寄生虫学、病理解剖学、内科学、X线诊断学、微生物学、皮肤病学等。

1985年成为全国首批获得“免试推荐优秀应届本科毕业生攻读硕士学位”的单位。1997年又成为全国首批“在职人员以研究生毕业同等学力申请硕士学位”的授权单位。2003年9月8日，国务院学位委员会《关于批准新博士、硕士学位授予单位的通知》(学位[2003]56号)公布经国务院学位委员会第二十次会议批准，学校成为博士学位授予单位，授权点为“病理学与病理生理学”。2005年，顺利通过教育部组织的本科教学工作水平评估。2006年，被遴选为省属三所重点大学之一。2009年，时任中华医学会会长、中国工程院院士钟南山教授受聘为名誉院长。2009年获得博士后科研流动站。2011年，获得基础医学一级学科博士学位授权点和6个一级学科硕士学位授权点，同年，为了扩大学校规模，1500亩的南校区开工建设。2012年，学校获得“中西部高校基础能力建设单位”项目，并成为首批卓越医生教育培养计划项目试点高校。2014年，南校区建设完成，开启了两校区办学新纪元；12月，学校迎来了全国高等学校评议设置委员会专家，2015年1月30日，教育部专家以近年少见、本次唯一的全票，通过学校更名72886必赢欢迎光临，实现了贵州医科类高校大学零的突破；6月15日，学校举办了隆重简朴的更名揭牌仪式，在揭牌仪式现场，还举行了72886必赢欢迎光临天然产物化学重点实验室及大健康学院的揭牌；2015年3月，学校成功整合贵州省中国科学院天然产物化学重点实验室，这是贵州省医药科学研究力量的一次强强组合，有利于集中力量打造国家级高水平创新平台。